Nel 1971 Montecristo è stata dichiarata Riserva naturale sulla base di un accordo fra il Ministero della Marina Mercantile, il Ministero delle Finanze e il Ministero dell’Agricoltura. In seguito, l’isola è anche stata proclamata Riserva Naturale Biogenetica dal Consiglio d’Europa.
Pertanto l’accesso è rigorosamente vietato al pubblico e consentito esclusivamente, previa autorizzazione, per ragioni di studio o per escursioni naturalistiche guidate.
Inoltre, nel tentativo di favorire la conservazione dell’importante ambiente marino, intorno all’isola è stata creata, nel 1979, una Riserva Naturale Marina che protegge la costa per una fascia di 500 metri, all’interno della quale sono espressamente vietati transito, pesca e balneazione. L’approdo all’isola avviene alla Cala Maestra.Isola selvaggia e disabitata (ci risiede solo un custode con la sua famiglia), coperta di macchia mediterranea, costituisce un importante luogo di rifugio e di riposo per gli uccelli migratori.
Una zona di tutela biologica intorno all'Isola di Montecristo, in una fascia di mare larga 500 metri, protegge la foca monaca e ne favorisce la riproduzione e l'accrescimento insieme a numerose  altre specie marine.
L'isola è interamente demaniale. Sono vietati l'accesso, la sosta, l'ancoraggio e le immersioni nella area marina protetta detta zona 1. Si estende su 1.040 ettari e le sue coste si sviluppano per 16 km. Dipende amministrativamente dal comune di Portoferraio (Isola d'Elba).Per potersi recare a Montecristo, è necessario ottenere un'autorizzazione dal Ministero che viene rilasciata principalmente per motivi di studio ad Università, Associazioni o Enti di ricerca.L'accesso é limitato a numero chiuso annuo e solo su prenotazione. Contattando l'ex A.S.F.D. di Follonica   Tel. 0566 40611 oppure 0566 40019.